Unraveling the Role of the Ribophosphate Backbone in DNA Conductance: Insights into Solvent and Dynamical Effects

Žádám o interní podporu výzkumu souvisejícího s GAČR projektem „Unraveling the Role of the Ribophosphate Backbone in DNA Conductance: Insights into Solvent and Dynamical Effects“ (26-21781S), který byl panelem P204 hodnocen jako vědecky kvalitní a doporučený k financování při dostatku prostředků, avšak nakonec nebyl podpořen; navrhovaný interní projekt navazuje na mou dlouhodobou práci v oblasti transportu náboje v (modifikované i oxidativně poškozené) DNA a zaměřuje se na teoretickou fundamentální studii vodivosti DNA bez přítomnosti bází, konkrétně na kvantifikaci vlivu ribofosfátové páteře na celkovou vodivost pomocí kombinace MD + DFT (HOMO/LUMO) a přesnější metody DFT/NEGF s cílem ověřit jejich konzistenci a lépe zahrnout konformační a solvatační efekty, přičemž výpočty proběhnou ve spolupráci ÚFCH JH (Dr. Šebera), JU (doc. Futera) a VŠB-TUO (Dr. Řeha) a budou sloužit i jako teoretické vodítko k plánovaným experimentům na ÚFCH JH; projekt přímo navazuje na řadu mých publikací věnovaných NMR charakterizaci páteře, transportu v molekulárních DNA obvodech a metallo-DNA a jeho výsledky poslouží jako podklad pro nový návrh projektu pro GAČR.